Como resultado de la mesa de trabajo interinstitucional, se elaboraron catorce (14) Protocolos de Actuación Interinstitucional para la aplicación del Código Procesal Penal, los cuales pasaremos a mencionar:
1. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico de Articulación, Trabajo y Coordinación entre el Ministerio Público y la Policía Nacional del Perú, cuyo objetivo es fortalecer y afianzar las relaciones de coordinación, articulación y trabajo conjunto entre el Ministerio Público y la Policía Nacional del Perú, a fin que las actividades de investigación sean eficaces. Está conformado por tres (03) ámbitos de intervención, nueve (09) subprocesos, treinta y un (31) actividades y tres (03) formatos anexos.
2. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico de Control de Identidad Policial, orientado a fortalecer la actuación policial con miras a efectuar controles de identidad dentro del marco de los principios de necesidad, razonabilidad, proporcionalidad y respeto a la persona humana. Está conformado por dos (02) ejes: control de identidad en el lugar público y diligencias en la dependencia policial, dos (02) subprocesos, dieciocho (18) actividades y dos (02) formatos anexos.
3. Protocolo de Actuación Interinstitucional para la Descarga, cuyo objetivo es poner a disposición de los operadores del Sistema de Administración de Justicia Penal una propuesta de trabajo interinstitucional que tiene como objetivo aumentar los niveles de productividad y tiempos de los procesos penales bajo las normas del Código de Procedimientos Penales de 1940, lo cual garantice una normal entrada en vigencia del Código Procesal Penal y un proceso de liquidación menos complejo. Está conformado por seis (06) subprocesos y dieciocho (18) actividades.
4. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico de Gestión y Dirección de Audiencias, orientado a promover metodologías homogéneas en programación y dirección de audiencias, así como optimizar tiempos y recursos para fortalecer la gestión de audiencias. Está conformado por cinco (05) procedimientos y ocho (08) actividades.
5. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico para la aplicación de la incautación, comiso, hallazgo y cadena de custodia, cuyo objetivo es fortalecer la actuación interinstitucional de los operadores del Sistema de Administración de Justicia Penal durante los procedimientos de incautación, comiso, hallazgo, siendo indispensable contar con un instrumento de gestión. Está conformado por tres (03) procedimientos, tres (03) subprocesos, quince (15) pasos y tres (03) anexos.
6. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico de Inspección y Reconstrucción, orientado a fortalecer la actuación de los operadores del Sistema de Justicia Penal en cuanto a la realización de las diligencias de inspección y reconstrucción, elevando sus niveles de eficacia y eficiencia. Está conformado por dos (02) procedimientos y dieciocho (18) actividades.
7. Protocolo de Actuación Interinstitucional para la Liquidación, cuyo objetivo es contribuir a un aumento de los niveles de productividad y tiempo de los procesos penales, bajo las normas del Código de Procedimientos Penales de 1940, lo cual garantice una oportuna y rápida atención del total de procesos penales que quedarán pendientes de atender -bajo las normas del CPP de 1940- luego de la entrada en vigencia del Código Procesal Penal. Está conformado por cuatro (04) subprocesos y doce (12) actividades.
8. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico de Notificaciones Electrónicas, dirigido a implementar un sistema de notificaciones electrónicas eficiente y en beneficio de los justiciables; así como, reducir los costos de recursos y tiempo invertidos mediante el uso de mecanismos electrónicos de notificación, favoreciendo con ello el principio de economía procesal de todos los operadores del Sistema de Administración de Justicia Penal. Está conformado por dos (02) subprocesos, ocho (08) actividades y un anexo.
9. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico para la aplicación del Proceso Inmediato Reformado, elaborado para fortalecer la actuación de los operadores del sistema de justicia penal en la aplicación del proceso inmediato en casos de flagrancia y otros supuestos. Está conformado por ocho (08) subprocesos y noventa y cuatro (94) actividades.
10. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico de Protección e Investigación de la Escena del Crimen, cuyo objetivo es fortalecer la actuación Policial y Fiscal, para garantizar una adecuada protección e investigación de la escena del crimen e incrementar de manera potencial las probabilidades del esclarecimiento del hecho delictivo, buscando a su vez evitar errores que dificulten la investigación y que determinen negativamente el caso. Está conformado por cuatro (04) fases y veintitrés (23) actividades.
11. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico de Reconocimientos, orientado a fortalecer la actuación Policial y Fiscal respecto a la realización de la diligencia de reconocimiento. Está conformado por seis (06) procedimientos y diecinueve (19) actividades.
12. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico para la aplicación del Registro y Recepción, aprobado para fortalecer la actuación policial y Fiscal en la aplicación de los diversos tipos de registro, así como, definir los procedimientos a seguir en la recepción de los efectos o elementos vinculados al delito. Está conformado por dos (02) subprocesos, cuatro (04) ámbitos de intervención, cuarenta y dos (42) actividades y siete (07) formatos anexos.
13. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico para la aplicación de la terminación anticipada del proceso, cuyo objetivo es fortalecer la actuación de los operadores de justicia en la aplicación del proceso especial de terminación anticipada, con miras a descongestionar la carga procesal. Está conformado por (04) subprocesos y ocho (08) actividades.
14. Protocolo de Actuación Interinstitucional Específico de Uso y Formación de Requerimientos y Solicitudes, orientado a estandarizar los procedimientos de formación y presentación de requerimientos fiscales y solicitudes, a fin de promover el normal desenvolvimiento de las diligencias o audiencias y consolidar la oralidad como eje central del nuevo Sistema de Justicia Penal; es decir, desarrolla la estructura, contenido y forma de presentación de los requerimientos y solicitudes en las diversas etapas del proceso penal. Está conformado por tres (03) procedimientos y cinco (05) actividades.